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Segundo o historiador Ramirez Deza Casa, a origem da igreja remonta a Cocanha 1.693. Con anterioridad a esa fecha los vecinos debían desplazarse a Lucena para recibir los sacramentos. O 20 Março 1705 el cardenal Salazar comunicó a la Santa Sede que ya existía en Jauja una Iglesia con los elementos mínimos para el culto. Mas aquella primera iglesia no es la que actualmente existe, para ficar pequeno, porque o aumento da população e, talvez, para a destruição ou deterioração de sua construção, el Marqués de Comares, pertencente à Casa de Medinaceli, manda construir otra mucho más grande, que es la que hoy usted admira. O 6 de Agosto de 1.779 se puso la primera piedra, realizándose su construcción en un corto espacio de tiempo, 10 anos, siendo bendecida el 29 Março 1789.
De estilo neoclásico, la iglesia tiene planta basilical, con dos naves principales que se cruzan a modo de cruz latina, dejando a los lados de la nave principal, para o transepto, dos naves laterales paralelas a la central. La cabecera de la iglesia, también tiene forma rectangular.
Exteriormente, la iglesia consta de tres portadas, de las cuales la principal es la que se levanta a sus pies. As tampas laterais são de pedra e neoclássica, la que se encuentra en la fachada lateral que da a la calle Iglesia, conserva su primitiva puerta de madera, embora seja pouco usado hoje em dia; a outra tampa, virado a sul, tapiada é para evitar a entrada de água, em caso de excesso de fluxo Branco. Esta puerta, era la que daba al antiguo cementerio de Jauja, anexado a la Iglesia, y que dejó de utilizarse a lo largo del S.XIX debido al aumento de las epidemias y por tanto de los fallecidos.
O fachada principal, se encuentra a los pies de la iglesia y está dividida en dos cuerpos. No fundo, a entrada principal está localizada, padrão do lado de repetição e é construído com os blocos de pedra. En el cuerpo superior se utiliza un ladrillo rojo muy peculiar y llamativo. Se decora en su centro con una hornacina que alberga la imagen de San José en piedra, que da nombre al templo, y se remata en su parte superior con una cruz. La fachada se cierra con un frontón triangular que sostiene en su vértice superior, como um campanário, um sino clássico, coronado por el nido de cigüeñas que acompaña a esta iglesia desde hace más de un siglos. Dois cumes semelhantes decorar a parte inferior do corpo de cada lado da fachada principal.
Em el interior de la Iglesia, la nave central, detém a abóbada de berço que fecha. Esta cúpula sobe em uma cornija, sostenida por unas pilastras terminadas en capiteles corintios. En la Bóveda destacan arcos fajones que corresponden con las pilastras laterales y lunetos que albergan amplias ventanas que permiten la iluminación interior. Os corredores são de menor altura do que o centro, abertura para a nave por espaços que estão fechados em arcos. La intersección de las dos naves principales se cierra con una gran bóveda esférica, apoyada en pechinas, decoradas con yeserías barrocas y en las que se encuentran cuatro grandes escudos de la casa de Medinaceli, insignias de la familia que mandó construir esta iglesia. El altar mayor, siguiendo el estilo neoclásico del templo, tiene dos grandes columnas enmarcando el cuadro de la sagrada familia, en la que destaca la figura de San José.
Destacan los retablos barrocos que albergan las imágenes de la Virgen del Rosario, empregador da cidade, de Jesús Nazareno, Sagrado Coração de Jesus e uma pintura da Virgem de Carmen. En el Ábside se encuentra un retablo neoclásico con la imagen de Cristo Crucificado reciente talla encargada a los talleres de Olot. En otras capillas laterales, se hallan una serie de imágenes, entre las que destacan las de Santo Domingo de Guzmán, padrão povo, la de la Virgen de los Dolores, la de San Rafael arcángel que junto con la talla del Nazareno son las tallas más antiguas del pueblo. La imagen del Santo Sepulcro también es relativamente reciente debido a que fue arrastrada en la inundación que asoló el pueblo en 1946, y a la que se hace mención en una placa instalada en el interior de la Iglesia. Llama también la atención la talla que junto al altar mayor, hay de San José, de autor desconocido, y que sujeta a un niño Jesús que parece que se cae de sus brazos. O cristo de la Humildad, fue traído a la iglesia desde Lucena, y también se conserva un niño Jesús donado por los duques de Medinaceli.
Pero esta Iglesia fue también testigo de un hecho muy importante acaecido en la vida de uno de los paisanos de Jauja más queridos, ya que aquí se conserva la partida de bautismo, así como antigua pila bautismal donde fue bautizado el más famoso bandolero andaluz del S. XIX José María El Tempranillo.
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